主要控制空气尘埃微粒对工作对象的污染，亦称无尘室或无尘车间。工业洁净室适用于电子（半导体、集成电路等）、航空航天、精细机械、精密仪器、高纯度化学、原子能、光磁产品、液晶玻璃等行业。

主要控制空气中悬浮微生物（细菌与微生物）污染。分为生物洁净室与生物学安全洁净室。生物洁净室适用于制药工业、手术室、无菌病房、食品生产、化妆品生产、动物实验室、理化检验室和血站等。生物学安全洁净室内部须保持负压，适用于传染性病源实验室、基因和疫苗等生物工程领域。